Trường Chỉ huy và Tham mưu được thành lập vào tháng 6 năm 1952 với danh xưng ban đầu là Trung tâm Huấn luyện Chiến thuật Hà Nội (Centre de Formation Tactique de Ha Noi). Sau Hiệp định Genève ngày 20 tháng 7 năm 1954, trường được di chuyển vào Gia Định tọa lạc tại đường Võ Tánh, Tân Bình, Gia Định.

Sau khi Thủ tướng Ngô Đình Diệm đắc cử Tổng thống của Chính thể Đệ nhất Cộng hòa. Ngày 1 tháng 12 năm 1955 trường được cải danh thành Trường Đại học Quân sự. Đến năm 1960, trường Đại học Quân sự di chuyển cơ sở lên Đà Lạt và đổi thành Trường Chỉ huy và Tham mưu.

Những năm đầu khi trường còn ở Gia Định đặc trách huấn luyện khóa Chỉ huy Tham mưu trung cấp, sau đổi lại Bộ binh cao cấp, chương trình này chuyển qua Trường Bộ binh[1] để huấn luyện. Về sau trường có nhiệm vụ huấn luyện các khóa Chỉ huy Tham mưu cao cấp. Cho đến cuối năm 1971 trường được di chuyển từ Đà Lạt về Long Bình (Biên Hòa).

Thành phần theo học khóa Chỉ huy và Tham mưu cao cấp thuộc mọi Quân, Binh chủng. Vào những năm về sau khi được cử đi học, khóa sinh phải có cấp bậc từ Trung tá trở lên.

Trong suốt thời gian hoạt động, trường đã đào tạo cho Quân lực Việt Nam Cộng hòa rất nhiều Sĩ quan trung và cao cấp trở thành những chỉ huy giỏi và nổi tiếng. Trường Chỉ huy và Tham mưu đã hoàn thành tốt nhiệm vụ của mình cho đến ngày miền Nam sụp đổ.